Γεννήθηκε στις 9 Απριλίου του 1855. Γιος του Θεόδωρου Κουντουριώτη και εγγονός του Γεωργίου Κουντουριώτη το 1874 κατετάγη στο ναυτικό, δόκιμος Β’ Τάξης. Η ναυτική του καριέρα που ακολούθησε ήταν εκπληκτική. Το 1884 έφτασε τον βαθμό του υποπλοίαρχου ενώ το 1895 έγινε πλωτάρχης. Διακρίθηκε ιδιαίτερα στον ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897. Όλοι οι Ευρωπαίοι μιλούσαν για την ευστάθεια του Κουντουριώτη
Το 1900 ως κυβερνήτης του εύδρομου «Ναύαρχος Μιαούλης» έκανε τον πρώτο εκπαιδευτικό διάπλου του Ατλαντικού Ωκεανού για ελληνικό πολεμικό πλοίο. Το 1908 ονομάστηκε υπασπιστής του τότε βασιλιά Γεωργίου Α’ και ένα χρόνο αργότερα προήχθη σε πλοίαρχο. Τις παραμονές του πολέμου του 1912 ονομάστηκε αρχηγός του στόλου του Αιγαίου, και υποναύαρχος τη μέρα κηρύξεως του πολέμου κατά την τελετή κατευοδώσεως του στόλο ως ο πρώτος αξιωματικός του πολεμικού ναυτικού που λάμβανε τον βαθμό αυτό μετά τον Κ. Κανάρη.