Η αποκατάσταση των ψηφιδωτών της Αγίας Σοφίας, από το 19ο αιώνα μέχρι σήμερα, έχει φέρει στο φως εξαιρετικά έργα τέχνης. Ορισμένα από αυτά είναι πολύ γνωστά, όπως η απεικόνιση της Δεήσεως ή του Ιωάννη Κομνηνού και της συζύγου του Ειρήνης της Ουγγαρίας. Δεν πρέπει όμως να ξεχνάμε πως ακόμη και σήμερα ένα μεγάλο μέρος του εσωτερικού της εκκλησίας παραμένει καλυμμένο, με νέα στοιχεία να προστίθενται από καιρού εις καιρόν.
Ένα από τα λιγότερο γνωστά ψηφιδωτά είναι εκείνο του αυτοκράτορα Ιωάννη Ε’ Παλαιολόγου, στην βόρεια πλευρά της ανατολικής αψίδας. Το ψηφιδωτό ανακαλύφθηκε τυχαία το 1989, καθώς ο σοβάς που το κάλυπτε διαλύθηκε λόγω της υγρασίας που προκάλεσε μία διαρροή στον θόλο (M. Tunay, “Byzantine Archaeological Findings in Istanbul During the Last Decade,” στο N. Necipoğlu (επ.) Byzantine Constantinople: Monuments, Topography, and Everyday Life (Brill: Leiden, 2001), σελ. 226).
