Οι κάτοικοι τής Σαμοθράκης μέ επικεφαλής τους τόν μητροπολίτη Μαρωνείας Κωνστάντιο, ξεσηκώθηκαν καί φυλάκισαν τούς άντρες τής τουρκικής φρουράς. Η Υψηλή Πύλη διέταξε αμέσως τίς στρατιωτικές δυνάμεις της νά καταστείλουν τήν εξέγερση. Οι Τούρκοι αποβιβάστηκαν στίς Μακρυλιές τήν 1η Σεπτεμβρίου 1821 (πρωτοσταυρινιά σύμφωνα μέ τούς ντόπιους) καί κατευθύνθηκαν πρός τήν πρωτεύουσα τού νησιού τή Χώρα.
Οι εξεγερμένοι κάτοικοι αμάθητοι στόν πόλεμο δέν κατόρθωσαν νά απωθήσουν τούς Τούρκους τού καπιτάν Καρά Αλή, οι οποίοι εισέβαλαν στή Χώρα καί κατέσφαξαν τούς κατοίκους της. Αμέσως μετά έβγαλαν κήρυκες καί διαβεβαίωσαν ότι πλέον μετά τήν καταστολή της στάσης, δέν κινδύνευε κανένας. Έτσι άρχισαν νά επανέρχονται στά σπίτια τους οι φυγάδες. Ο Καρά Αλή όμως συνέλαβε όσους επανήλθαν καί τούς καρατόμησε στή θέση Εφκάς.