Οι κάτοικοι τής Σάμου μέ αρχηγό τόν Λυκούργο Λογοθέτη ήταν αποφασισμένοι νά υπερασπιστούν τό νησί τους μέχρι θανάτου. Εγκατέλειψαν τά παράλια καί οχύρωσαν τίς ορεινές θέσεις περιμένοντας τήν άφιξη τού ελληνικού στόλου.
Στίς 30 Ιουλίου 1824 ο ελληνικός στόλος μέ αρχηγούς τόν Γεώργιο Σαχτούρη καί τόν Ανδρέα Μιαούλη πλέοντας δυτικά τής Σάμου αντελήφθη τουρκικά πλοιάρια γεμάτα στρατεύματα νά ετοιμάζονται γιά απόβαση στό Καρλόβασι.
Ο Σαχτούρης διέταξε τά ελληνικά πλοία νά τόν ακολουθήσουν καί κυνήγησε τά τουρκικά αποβατικά σκάφη μέ αποτέλεσμα νά βυθίσει τά περισσότερα από αυτά παρασύροντας στό βυθό καί τό μεγαλύτερο μέρος τών Τούρκων στρατιωτών. Τά υπόλοιπα τουρκικά πλοιάρια έτρεξαν νά σωθούν στά μικρασιατικά παράλια μεταφέροντας καί τήν πληροφορία ότι πλέον η Σάμος ήταν υπό τήν προστασία τού ελληνικού στόλου καί ότι θά ήταν δύσκολη κάθε προσπάθεια κατάληψής της.
Εν τώ μεταξύ, η χερσόνησος τής Μυκάλης είχε πλημμυρίσει από οθωμανικά στρατεύματα, τά οποία ο Χοσρέφ σχεδίαζε νά μεταφέρει απέναντι στή Σάμο. Τά ελληνικά πλοία πλησιάσαν στά λιμανάκια τής Μυκάλης, όπου βρίσκονταν αραγμένες οι τουρκικές σακολέβες, καί τίς κανονιοβόλισαν, σκορπίζοντας ταυτόχρονα καί τούς στρατιώτες πού είχαν στρατοπεδεύσει κοντά στήν παραλία.