Γεννήθηκε στον Πύργο της Τήνου, το 1832 και ήταν ένας από τους μεγαλύτερους Έλληνες ζωγράφους και δασκάλους της ζωγραφικής κατά τον 19ο αιώνα. Το έργο του στάθηκε ορόσημο στη νεότερη ελληνική ζωγραφική. Θεωρείται από τους πιο σημαντικούς εκπροσώπους της Σχολής του Μονάχου και πρωτοπόρος στη διαμόρφωση της διδασκαλίας των Καλών Τεχνών στην Ελλάδα.
Η πολυσήμαντη τέχνη του καλύπτει τα 3/4 του πρώτου αιώνα της ελληνικής αναγέννησης. Ήταν γιος ενός λαϊκού μαρμαρογλύπτη, που περιπλανήθηκε σε όλες τις μεγάλες πόλεις των Βαλκανίων αναζητώντας την τύχη και τελικά κατέληξε στην Τήνο. Ο πατέρας μετέδωσε στο γιο του τη μεγάλη αγάπη του προς την καλλιτεχνία, κι ο Νικηφόρος από μικρή ηλικία είχε εκπλήξει με το πλούσιο ταλέντο του όσους έτυχε να τον γνωρίσουν.
Το 1850, σε ηλικία 18 ετών, πήγε στην Αθήνα μαζί με τον πατέρα του και γράφτηκε στο Σχολείο των Τεχνών (η μετέπειτα Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών). Εκεί, σπούδασε ζωγραφική με δασκάλους τον Γερμανό διευθυντή της Σχολής, Λούντβιχ Τιρς (Ludwig Thiersch), τους αδερφούς Μαργαρίτη και τον Ιταλό Ραφαέλο Τσεκόλι (Raffaelo Ceccoli). Ο Τιρς συγκινημένος από το πρώιμο φούντωμα της καλλιτεχνικής ιδιοφυίας του Νικηφόρου, τον πήρε από την ιδιαίτερη και πατρική προστασία του και τον καθοδήγησε με επιτυχία στο δρόμο της μεγάλης καριέρας.
Με την αποφοίτησή του, το 1856, ο Νικηφόρος Λύτρας ανέλαβε να διδάξει το μάθημα της Στοιχειώδους Γραφής στο ίδιο ίδρυμα.
Το 1860, με υποτροφία του βασιλιά Όθωνα, πήγε στο Μόναχο για να σπουδάσει στη Βασιλική Ακαδημία των Καλών Τεχνών και έτσι βρέθηκε στην καρδιά της ευρωπαϊκής καλλιτεχνικής ζωής. Την εποχή εκείνη, στην πρωτεύουσα της Βαυαρίας ζωντάνευε ξανά ο αθηναϊκός 5ος αιώνας π.Χ.