Καθοριστικός παράγοντας στη διαμόρφωση των σχέσεων του Πατριαρχείου και του τουρκικού κράτους και των εκάστοτε πολιτικών των κυβερνήσεων κατά της ρωμαίικης μειονότητας της Κωνσταντινούπολης υπήρξε το Τουρκορθόδοξο Πατριαρχείο.
Η απόπειρα ίδρυσης μιας τουρκικής εθνικής Εκκλησίας που θα απευθυνόταν στους τουρκόφωνους ορθόδοξους πληθυσμούς της εσωτερικής Μικράς Ασίας τοποθετείται στη διάρκεια της ελληνοτουρκικής σύρραξης του 1919-1922.
1 Η κυβέρνηση της Άγκυρας ετοιμάζει νομοσχέδιο για την ίδρυση μιας ανεξάρτητης τουρκικής ορθόδοξης Εκκλησίας και, ειδικά μετά την εκλογή του Μελέτιου Μεταξάκη στον πατριαρχικό θρόνο στα τέλη του 1921, δραστηριοποιείται για την υλοποίηση του εγχειρήματος.
Πρωταγωνιστικό ρόλο στην υπόθεση διαδραματίζει ο Ευθύμιος Καραχισαρίδης, γνωστός ως παπα-Ευθύμ, αναπληρωτής αρχιερατικός επίτροπος της κοινότητας του Κεσκίνμαντεν που χάρη στις διασυνδέσεις του με σημαντικές προσωπικότητες του τουρκικού εθνικού κινήματος αναδεικνύεται σε κυρίαρχο παράγοντα της ίδρυσης μιας τουρκορθόδοξης Εκκλησίας.
Ο Ευθύμ προσπαθεί να πείσει όλες τις ορθόδοξες κοινότητες που παραμένουν εκτός της ελληνικής ζώνης κατοχής ότι η συνεργασία με την Άγκυρα είναι προς όφελός τους. Επίσης με τις ενέργειες και παρεμβάσεις του βοηθά τις κοινότητες κατά των εκτοπίσεων και των αντιποίνων των Τούρκων. Ο Ευθύμ κατηγορεί το Πατριαρχείο για προδοσία και για το ότι προσπαθεί να εξελληνίσει τους ορθόδοξους της Μικράς Ασίας, οι οποίοι για αυτόν ήταν ουσιαστικά τουρκικής καταγωγής.2 Το καλοκαίρι του 1922 με πρωτοβουλία του συγκαλείται στην Καισάρεια το Τουρκορθόδοξο Εκκλησιαστικό Συνέδριο3 και το φθινόπωρο του ίδιου έτους ανακοινώνεται η ίδρυση του Τουρκορθόδοξου Πατριαρχείου.4