.
Ευθύς μετά την παραίτηση του Πρίγκιπα Γεωργίου, ο βασιλιάς Γεώργιος Α’ υπέδειξε ως νέο Ύπατο Αρμοστή Κρήτης τον Αλέξανδρο Ζαΐμη, πρώην πρωθυπουργό και μετέπειτα Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας, πολιτικό έμπειρο και άνδρα υψηλού ήθους. Ο Ζαΐμης ανέλαβε τα καθήκοντα του στις 18 Σεπτεμβρίου 1906, με πενταετή εντολή.
Ο πρωθυπουργός της Ελλάδας Γ. Θεοτόκης έγραφε στο τηλεγράφημα του στον Πρόεδρο της Κρητικής Βουλής : «δια του διορισμού τον κ. Ζαίμη καθ’ υπόδειξιν της A.M. τον βασιλέως, επετεύχθη εν μέγα βήμα προς την ποθουμένην υπό των Κρητών και παντός τον Έθνους λύσιν του Κρητικού Ζητήματος».
Από τον Ιούνιο του 1906, με κοινή συμφωνία των επαναστατών του Θερίσου και των αντιπροσώπων της Κρητικής Βουλής, είχε συγκροτηθεί η Β’ Συντακτική Συνέλευση, με πρόεδρο τον Αντώνιο Μιχελιδάκη. Η Συνέλευση εργάστηκε σύντονα και στις 2 Δεκεμβρίου 1906 υπέβαλε στον Αλ. Ζαΐμη το νέο κρητικό Σύνταγμα.
Στο σχετικό διαβιβαστικό έγγραφο ο Αντ. Μιχελιδάκης έγραφε «Υποβάλλω Υμίν εγκλείστως το νέον σύνταγμα, το οποίον εψήφισεν η Β’ Συντακτική Συνέλευσις. Η νέα περίοδος εσωτερικής πολιτικής εις την οποίαν εισέρχεται η Κρήτη υπό το νέον κοινοβουλευτικόν πολίτευμα, παρέχει εις απαντάς τους ψηφίσαντος εκλεκτούς του Κρητικού Λαού την ελπίδα, ότι με την πείραν του παρελθόντος και με την πεποίθησιν ότι διανύομεν τον τελευταίον σταθμόν προς το εθνικόν ημών τέρμα, η περίοδος των εσωτερικών κλονισμών παρήλθε και ότι θα αφιερωθώμεν καθ’ ολοκληρίαν εις την επιτέλεσιν έργων κοινής ωφελείας και εις την ανύψωσιν τον επιπέδον της ηθικής και κοινοτικής προόδου της νήσου».